Sora, un jeune garçon âgé de 14 ans vivait sur son île, en compagnie de ses deux meilleurs amis, Kairi et Riku. Rêvant d’aventure, le trio désirait plus que tout partir au loin de leur monde si petit, en prenant le large à l’aide d’un radeau qu’ils avaient fabriqué eux-mêmes.
Un jour avant le départ, une tempête déchira le ciel de la nuit, les ténèbres envahirent l’île. Sora partit à la recherche de ses amis, il trouva ainsi Riku plongé dans les ténèbres, lui proposant de le suivre, trouvant son ami trop hésitant il l’abandonna dans l’orage. Sora se mit donc à la recherche de Kairi, lorsqu’il la retrouva ce fut trop tard, elle s’évapora dans ses bras. Il retourna où il avait trouvé Riku dans l’espoir que tout s’arrange mais il fût happé par les ténèbres et l’île du Destin détruite.

Le garçon se réveille alors dans une ruelle d’un lieu qui lui est inconnu. Après avoir fait le tour de la ville et rencontré Cid, un commerçant qui lui propose de le prendre sous son aile, Sora fait la connaissance de Léon, qui le provoque en duel. A la suite de ce combat notre jeune héros s’évanoui et se réveille en compagnie de Léon, Aéris et Yuffie, trois jeunes habitant du monde, qui lui expliquent où il se trouve, pourquoi il porte cette étrange arme en forme de clef, et enfin qui sont ces créatures noires qui le poursuivent et ont détruit son île.
Sora découvrit alors qu’il est un maître de la Keyblade, la plus puissante et redoutable des armes. La Keyblade permet de verrouiller les cœurs de mondes afin de les sauver des ténèbres, elle attirent de nombreuse convoitises et les sans-cœur sont attirés par elle. Le jeune garçon veut simplement retrouver ses amis, mais son rôle est bien plus grand, il est l’Elu.



Dans un autre monde, au château Disney, Donald et Dingo, trouvent une lettre de leur roi leur disant qu’un désastre se préparait car les étoiles s’éteignaient une à une, voulant voir ce qu’il se passe, le roi part donc à l’aventure. Dans cette lettre, il leur dit qu’il faut trouver la clé, celle qui sauvera le monde, et son porteur, pour cela, ils doivent se rendre à la ville de Traverse, et rencontrer un certain Léon pour obtenir de l’aide.
Après de longues recherches dans toute la ville, les deux compères trouvent finalement l’intéressé, mais sont obligés d’aller se battre contre les sans-cœur, ces créatures noires qui envahissent la ville. Par le plus grand des hasard et se retrouvent face à face avec Sora et réalisent qu’il est le porteur que le roi leur a demandé de chercher. Le trio décide de partir ensemble, Sora profitant du vaisseau Gummi pour tenter de retrouver ses amis perdus, et Donald et Dingo cherche le roi dans tous les mondes qu’ils parcourent. Néanmoins une véritable amitié se lie entre eux au fur et à mesure de leur périple.

Une suite d’aventures multiples commencent alors pour eux, ne trouvant pas réellement ce qu’ils cherchent mais se faisant beaucoup d’amis, de personnes chères à leur cœur, et devant de plus en plus puissants et habiles.
De son côté, Riku vit cette amitié d’un très mauvais œil, se faisant enrôler dans une association des ténèbres, dirigée par Maléfique, visant à obtenir la puissance des cœur des mondes à l’aide de sept princesses, princesses de Kairi fait partie. Il la retrouve, mais ce n’est plus qu’un pantin sans vie car elle a perdu son cœur. Riku met des bâtons dans les roues des Sora, et lui donne rendez-vous dans un endroit final.